Erstmals erwähnt wird Varmissen am 12. August 1311 als Heinrich Schade auf alle Rechte an Gütern bei Vermelsen verzichtet, welche seine Vorfahren dem Kloster Mariengarten verkauft hatten.

Gedenkstein anlässlich der 700 Jahrfeier

Der Ort lag einst an der Dransfelder Heerstraße, einem Hangweg, der von Göttingen über Dransfeld nach Münden führte. Diese verzweigte sich nochmals zwischen Olenhusen und Varmissen, so dass Varmissen seit frühestens dem 15. Jahrhundert an der Haupttrasse der Heerstraße lag. In der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts wurde diese Trasse vom Talweg durch die Dörfer abgelöst. Westlich von Varmissen befindet sich ein steinernes Radkreuz, das den mittelalterlichen Verlauf der Straße an dieser Stelle belegt.

Seit dem frühen 14. Jahrhundert wird eine adlige Familie geführt, die aus dem Ort stammt. So tritt 1319 ein Henricus von Vermissen als Zeuge in einer Urkunde auf, in der die Herren von Hardenberg dem Haus des Deutschen Ordens in Göttingen einen Hof und Land in Rosdorf verkaufen. 1387 ist Barthold von Vermissen einer der Verbündeten von Herzog Otto den Quaden. 1511 bis 1531 war Johann von Vermessen Propst im Kloster Weende und Conrad von Vermessen übte die Tätigkeit eines Kanonikers 1516 in Fritzlar aus.

Mitte des 19. Jahrhunderts befand sich Varmissen im Unteramt des Amtes Münden und hatte 140 Einwohner. 1871 besaß Varmissen 145 Ortsanwesende, 28 Wohngebäude und 20 Haushalte, die Zahl nahm 1875 auf 120 Einwohner, 19 Wohngebäude und 23 Haushalte ab. Am 1. Januar 1973 wurde Varmissen in die Stadt Dransfeld eingegliedert.   

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